Arrêté dans la région forestière en décembre 1998 alors qu’il tentait de sortir du pays, Alpha Condé du Rassemblement du Peuple de Guinée est arrêté et détenu à la maison d’arrêt de Conakry.
Quelques mois plus tard, en avril 2000, l’accusé Alpha Condé comparaît devant la Cour de Sureté de la Guinée et son procès débute le 12 avril. La seconde partie du procès qui se déroule en deux étapes, s’ouvre le 23 août 2000.
L’accusé qui avait décidé de garder le silence tout le long du procès réaffirme son innocence, «je maintiens, persiste et signe que tout ce que l’on m’impute est faux. Je n’ai jamais voulu fuir le pays. Tous les témoins à charges sont des faux témoins. Je suis un intellectuel, mon combat est un combat d’idées et mes armes, la plume et la parole».
Après ce procès de plusieurs semaines, le 11 septembre 2000, Alpha Condé est condamné à cinq ans de prison pour «atteinte à l’autorité de l’État et à l’intégrité du territoire».
Après deux années passées derrière les barreaux dont huit mois à la fin de son procès, l’opposant Alpha Condé sera gracié par le général Lansana Condé le 18 mai 2001.